委員會
為能支持院外之傑出研究計畫，並做好服務醫藥衛生相關研究社群的工作，聘請國內、外優秀之學者專家，設置二個不支薪給、完全為義務性質之委員會，依功能及性質不同區分為：「國家衛生研究院學術諮議會 (NHRI Scientific Council)」、及「國家衛生研究院學術審查委員會 (NHRI Scientific Review Committees)」。
學術諮議會
是依據國家衛生研究院學術諮議會暨學術審查委員會作業要點成立，由國、內外傑出醫藥衛生學者專家十五至二十五名組成，負責指導推動「整合性醫藥衛生科技研究計畫」相關制度及未來發展方向之規劃。多年來，已建立本土醫藥衛生科技研究機構發展支援大型整合研究計畫經費補助機制 (Funding Mechanism) 之良好模範。另外，本委員會負責綜合各組學術審查委員會對各項計畫之評分建議，並考量現行各研究重點發展所需，推薦計畫補助優先次序，奠定擇優且符合時宜之補助原則。
學術審查委員會
分五組進行計畫審查，各組依該組計畫數目多寡邀請國內、外相關研究領域之學者專家八至十五名組成，負責「整合性醫藥衛生科技研究計畫」繁重而嚴謹之審查工作，包括：委員間之討論及意見交流、各項計畫審查意見之撰寫、評分、及補助經費之建議等，必要時並得進行跨組審查，或另邀請其他專家作特殊項目之審查，秉持嚴謹、公正、公開之原則，遴選出最適切的研究計畫，並避免落入研究資源齊頭式平等的窠臼，以真正達到追求卓越研究的標準。近年來，國內審查委員人數逐漸增加，以求同儕審查制度於本土落實。