| 計畫編號 | 計畫名稱 | 執行機構 | 主持人 |
| DOH88-HR-401 | 前瞻性支付制度下的醫院管理模式之建立 | 長庚大學 | 張昭雄 |
| DOH88-HR-402 | 研究類鴉片藥物的作用–從分子到人體 | 國防醫學院 | 陶寶綠 |
| DOH88-HR-403 | 致癌作用與癌症化學預防之生化機制 | 台灣大學 | 林仁混 |
| DOH88-HR-501 | 高雄醫學院磁振造影劑研究室 | 高雄醫學院 | 劉金昌 |
| DOH88-HR-502 | C,D型肝炎病毒複製及對肝癌細胞株作用機制之探討 | 陽明大學 | 吳妍華 |
| DOH88-HR-503 | 無機砷對健康危害之世代追蹤研究 | 台灣大學 | 陳建仁 |
| DOH88-HR-504 | 環境病職業病研究群體計畫 | 台灣大學 | 王榮德 |
| DOH88-HR-505 | 粒線體疾病研究室 | 陽明大學 | 魏耀揮 |
| DOH88-HR-506 | 血管性痴呆症及腦中風後行為神經學異常之研究室 | 高雄醫學院 | 劉景寬 |
| DOH88-HR-507 | 肝癌細胞生長與死亡之調控機制之研究 | 台北榮民總醫院 | 周成功 |
| DOH88-HR-508 | 免疫病之Ｔ細胞調節及實驗性治療 | 陽明大學 | 韓韶華 |
| DOH88-HR-513 | 內生性脂質氧化抑制因子之探討 | 成功大學 | 張文昌 |
| DOH88-HR-601 | 馬偕醫院輸血醫學研究室 | 馬偕紀念醫院 | 林媽利 |
| DOH88-HR-602 | 人類紅血球蛋白基因在個體發展中之分子機制 | 中央研究院 | 沈哲鯤 |
| DOH88-HR-603 | 葡萄糖-6-磷酸去氫酉每缺乏症與紅血球老化分子致病機轉之探討？ | 中央研究院 | 唐堂 |
| DOH88-HR-604 | 正常老化、認知障礙及阿爾滋海默氏症：長期追蹤研究 | 台北榮民總醫院 | 劉秀枝 |
| DOH88-HR-605 | 疫苗研究發展群體計畫 | 中央研究院 | 何美鄉 |
| DOH88-HR-606 | 腸胃道傳染病菌的毒性機理 | 長庚大學 | 歐炯雄 |
| DOH88-HR-607 | 傳統中藥開發研究群體計畫 | 台灣大學 | 翁祖輝 |
| DOH88-HR-608 | 以型一生長激素接受器協助子宮頸癌之診斷治療及預後評估 | 國防醫學院 | 陳小梨 |
| DOH88-HR-609 | 先天性腎上腺增生症的分子機構 | 中央研究院 | 鍾邦柱 |
| DOH88-HR-610 | 一氧化氮及氧游離基在缺血、敗血及休克中之角色 | 長庚大學 | 樓迎統 |
| DOH88-HR-611 | 台灣地區肺癌發生之毒理機轉的探討 | 中山醫學院 | 李輝 |
| DOH88-HR-612 | 酒精研究群體計畫 | 國防醫學院 | 王昀 |
| DOH88-HR-613 | 肝臟影像及治療計劃研究室 | 成功大學 | 林錫璋 |
| DOH88-HR-614 | 輪椅驅動之上肢生物力學研究 | 成功大學 | 蘇芳慶 |
| DOH88-HR-615 | 類鑽碳膜披覆在全人工關節之應用 | 成功大學 | 洪敏雄 |
| DOH88-HR-616 | 內皮素在高血壓合併胰島素抗拒症中之角色 | 台北榮民總醫院 | 何橈通 |
| DOH88-HR-617 | 腫瘤生物學研究室：成立一個體內藥物敏感試驗的治癌模式 | 成功大學 | 蘇益仁 |
| DOH88-HR-618 | 平衡訓練對老年人跌倒防治之效果評量 | 台灣大學 | 胡名霞 |
| DOH88-HR-619 | 極低出生體重兒的早期神經動作發展評估以及發展預後研究 | 台灣大學 | 鄭素芳 |
| DOH88-HR-620 | 多氯聯苯中毒與肝炎病毒對肝之共同作用與長期影響 | 成功大學 | 郭育良 |
| DOH88-HR-621 | 青少年藥物濫用之起因：一個社會學習模型 | 中央研究院 | 吳齊殷 |
| DOH88-HR-622 | 重組蛋白質在活體外及活體內之摺疊 | 中興大學 | 林松池 |
| DOH88-HR-623 | 以微囊包埋經基因轉染之細胞株作為人類癌病分子治療的可行性研究 | 長庚大學 | 顏榮郎 |
| DOH88-HR-624 | 光感細胞於老年性黃斑部病變及視網膜變性之細胞死亡機轉 | 國防醫學院 | 張正忠 |
| DOH88-HR-625 | 研究EGF receptor和c-Src 彼此間作用在乳癌引發上的意義 | 成功大學 | 呂增宏 |
| DOH88-HR-627 | 宿主易感性和肝細胞癌 (註：本年度執行期程為87.06.01~87.12.31) |
台灣大學 | 于明暉 |
| DOH88-HR-628 | 調控檸檬酸代謝之基因轉錄於攝護腺 | 長庚大學 | 莊宏亨 |
| DOH88-HR-629 | 人類多瘤性病毒JC病毒之分子特性化 | 中山醫學院 | 張德卿 |
| DOH88-HR-630 | RP-1基因之功能研究：一個”普遍變異型免疫缺陷疾病”潛在性致病基因 | 台灣大學 | 林琬琬 |
| DOH88-HR-631 | RNA 結合蛋白質(RBP1)的結構與功能 | 台灣大學 | 李芳仁 |
| DOH88-HR-632 | 神經肌肉疾病之運動單元動作電位研究 | 成功大學 | 林志勝 |
| DOH88-HR-633 | 台北巿石牌地區頭痛之流行病學研究 | 陽明大學 | 王署君 |
| DOH88-HR-634 | 復健醫療品質保證及成果研究資料庫之建立 | 長庚大學 | 潘璦琬 |
| DOH88-HR-701 | 肝癌分子病理研究室計畫 | 台灣大學 | 許輝吉 |
| DOH88-HR-702 | 活體肝臟移植群體計畫 | 長庚大學 | 陳肇隆 |
| DOH88-HR-703 | 病毒潛伏性膜蛋白與鼻咽癌之病變之機轉 | 長庚大學 | 張玉生 |
| DOH88-HR-704 | CD30 於惡性腫瘤之功能性角色 | 台灣大學 | 許世明 |
| DOH88-HR-705 | 氣體性神經調控分子及內毒素對中樞心血管調控之影響 | 國防醫學院 | 曾清俊 |
| DOH88-HR-706 | 住院老人及其照顧者出院需求量表之發展 | 長庚大學 | 徐亞瑛 |
| DOH88-HR-707 | 前瞻性記憶在正常與文盲老人及早期失智症患者之研究 | 成功大學 | 白明奇 |
| DOH88-HR-708 | 鼻咽癌之檢測標記及預後因子之評估 | 台灣大學 | 許翠瑛 |
| DOH88-HR-709 | 最小侵入式手術用手術模擬器 | 中央大學 | 曾清秀 |
| DOH88-HR-710 | EB 病毒感染鼻咽癌細胞之分子機轉 | 台灣大學 | 林欽塘 |
| DOH88-HR-711 | 高密度電腦同步定位研究安裝心房高速節律器所致之慢性心房顫動及其電氣病生理 | 台灣大學 | 林俊立 |
| DOH88-HR-712 | 麻醉系統工程與其臨床應用 | 台灣大學 | 章良渭 |
| DOH88-HR-713 | 醫藥上重要的放線菌染色體之研究 | 陽明大學 | 陳文盛 |
| DOH88-HR-714 | 天然萃取物之體內抗癌活性藥物學研究 | 陽明大學 | 葉小帆 |
| DOH88-HR-715 | 抗癌DNA-交互作用劑之研發 | 中央研究院 | 蘇燦隆 |
| DOH88-HR-716 | 藉由活化標定之前驅藥物產生治療指數之癌症化療法 | 中央研究院 | 羅傅倫 |
| DOH88-HR-717 | 早期性過敏反應以及它在免疫性疾病扮演的角色 | 成功大學 | 黎煥耀 |
| DOH88-HR-719 | 保存移植器官攜氧體之合成研究 | 台北醫學院 | 施子弼 |
| DOH88-HR-720 | 細胞激素-3 植入的癌症疫苗基因治療 | 清華大學 | 江啟勳 |
| DOH88-HR-721 | 門脈高壓老鼠的藥理研究 | 陽明大學 | 黃怡超 |
| DOH88-HR-722 | 糖尿病腎病之微小血管機能異常及基因表達 | 長庚大學 | 楊智偉 |
| DOH88-HR-723 | 真核細胞內部起始轉譯之作用機轉 | 台灣大學 | 張明富 |
| DOH88-HR-724 | 腎小管形成之細胞及分子機制探討 | 成功大學 | 湯銘哲 |
| DOH88-HR-725 | 台灣地區脊髓小腦萎縮症之遺傳分析 | 長庚大學 | 吳雅慧 |
| DOH88-HR-726 | 老鼠肺部在 X-射線照射後的活體分子反應 | 長庚大學 | 洪志宏 |
| DOH88-HR-727 | 感覺神經退化與再生之研究 | 台灣大學 | 謝松蒼 |
| DOH88-HR-729 | TGF-β引起肝癌細胞株凋亡的機制研究 | 台灣大學 | 陳瑞華 |
| DOH88-HR-730 | DNA 錯誤配對修補之研究及其和胃癌與直腸癌之關聯 | 台灣大學 | 吳忠勳 |
| DOH88-HR-732 | 蛋白質磷酸化酉每在神經系統發生時所扮演的角色 | 陽明大學 | 范明基 |
| DOH88-HR-734 | 單純庖疹病毒醣蛋白 C 的結構與功能的研究 | 陽明大學 | 洪善鈴 |
| DOH88-HR-736 | Retinoids 對紋狀體神經細胞分化的調控 | 陽明大學 | 劉福清 |
| DOH88-HR-737 | 口腔癌之致病機轉 | 陽明大學 | 張國威 |
| DOH88-HR-738 | Disintegrins 對新生血管之抑制活性和其拮抗癌細胞轉移之探討 | 台灣大學 | 黃德富 |
| DOH88-HR-739 | 含固醇核三帖類成分中藥之藥物探索 | 台灣大學 | 李水盛 |
| DOH88-HR-740 | Connexin-32 基因突變在 X 性染色體遺傳型夏柯馬利圖司疾病中扮演的角色 | 長庚大學 | 王鴻利 |
| DOH88-HR-741 | 白血球間質素四號對嗜伊紅性白血球激活之探討 | 陽明大學 | 萬曉晴 |
| DOH88-HR-801 | 衛生政策研究群體計畫 | 台灣大學 | 楊志良 |
| DOH88-HR-802 | 檳榔與抽煙對健康危害之分子流行病學研究 | 長庚大學 | 謝玲玲 |
| DOH88-HR-803 | 原住民健康研究－重要疾病遺傳／分子流行病學 | 高雄醫學院 | 葛應欽 |
| DOH88-HR-804 | 肝癌之分子遺傳學研究 | 台灣大學 | 陳定信 |
| DOH88-HR-805 | 癌症專屬KDN醣抗原的醣生化學研究 | 中央研究院 | 井上康男 |
| DOH88-HR-806 | 番荔枝科乙醯生合成物活性物質之研究(Ⅱ) | 高雄醫學院 | 吳永昌 |
| DOH88-HR-807 | 新抑癌素蛋白與生色團之交互作用 | 彰化師範大學 | 金德航 |
| DOH88-HR-808 | Benzodiazepine/γ-胺基丁酸Ａ型受體的調控 | 慈濟醫學院 | 邱鐵雄 |
| DOH88-HR-809 | 抗癌潛力藥物紅豆杉雙帖類成分研發 | 中山大學 | 沈雅敬 |
| DOH88-HR-810 | 醣胺素在眼角膜及心臟細胞外基質所扮演的結構及功能角色 | 清華大學 | 吳文桂 |
| DOH88-HR-811 | 遺傳工程技術製造研究hepsin之老鼠動物模型 | 台灣大學 | 林淑華 |
| DOH88-HR-812 | 人類乳突瘤病毒E2蛋白影響基因表現之分子機制 | 中央研究院 | 譚婉玉 |
| DOH88-HR-813 | CLC-0氯離子通道的結構與功能之研究 | 陽明大學 | 陳政育 |
| DOH88-HR-814 | 轉糖鏈球菌葡萄糖傳遞酵素抗原性及免疫性之研究 | 台灣大學 | 賈景山 |
| DOH88-HR-815 | 靈芝子實體作為皮膚取代物之探討研究 | 台北醫學院 | 蘇慶華 |
| DOH88-HR-816 | 多媒體網路系統應用於遠距醫學之研究 | 台灣大學 | 侯勝茂 |
| DOH88-HR-817 | 新型義肢之設計與研究開發 | 成功大學 | 周有禮 |
| DOH88-HR-818 | 含鈀汞齊合金牙科填充材料之研究發展(Ⅱ) | 成功大學 | 陳瑾惠 |
| DOH88-HR-819 | 應用於醫療診斷之人體組織光學造影技術 | 台灣大學 | 楊志忠 |
| DOH88-HR-820 | 以動態磁振掃描研究早期股骨頭缺血性壞死病人之股骨頭 | 台灣大學 | 江清泉 |
| DOH88-HR-821 | 發展障礙兒童的動態分析 | 成功大學 | 林啟禎 |
| DOH88-HR-822 | 新式牙科複合材料的研發 | 陽明大學 | 李士元 |
| DOH88-HR-823 | 視覺回饋及眼球運動對姿勢控制之肌電圖及動作分析研究 | 台灣大學 | 王淑芬 |
| DOH88-HR-824 | 以功能性磁振造影術研究針灸的中樞機轉 | 高雄榮民總醫院 | 吳銘庭 |
| DOH88-HR-825 | 精神分裂症的多層面精神病理研究 | 台灣大學 | 胡海國 |
| DOH88-HR-826 | 感覺統合功能障礙評估系統之建立 | 台灣大學 | 曾美惠 |
| DOH88-HR-828 | 應用病例對照研究法評估大腸直腸癌篩檢 | 台灣大學 | 陳秀熙 |
| DOH88-HR-829 | 台大癌症研究中心－台灣重要癌症之治療與相關腫瘤生物學之研究 | 台灣大學 | 謝長堯 |
| DOH88-HR-830 | 癲癇與記憶的臨床和實驗研究 | 成功大學 | 蔡景仁 |
| DOH88-HR-831 | 國人細胞色素P450的多型性研究 | 成功大學 | 黃金鼎 |
| DOH88-HR-832 | 兒童肝癌研究室 | 台灣大學 | 張美惠 |
| DOH88-HR-833 | 以抗氧劑防止非膽鹼性呼吸道收縮 | 台灣大學 | 賴義隆 |
| DOH88-HR-834 | 運動對血小板及內皮細胞的影響 | 成功大學 | 任卓穎 |
| DOH88-HR-835 | 全身性紅斑狼瘡自體反應性B細胞設定性死亡機轉和治療研發的研究 | 台灣大學 | 江伯倫 |
| DOH88-HR-836 | Ribavirin合併干擾素增強慢性病毒性肝炎療效之機轉 | 台灣大學 | 賴明陽 |
| DOH88-HR-837 | 長期增益現象與老化時記憶失調現象之相關性探討 | 成功大學 | 許桂森 |
| DOH88-HR-838 | 探討Activin其功能的反應機制 | 東華大學 | 蘇建國 |
| DOH88-HR-839 | 嗜咿紅性白血球和呼吸道上皮細胞黏著的分子機轉 | 成功大學 | 謝奇璋 |
| DOH88-HR-840 | 光感物質經口傳輸系統之研發 | 台北醫學院 | 蔡翠敏 |
| DOH88-HR-841 | 細胞動力素在卵巢過度刺激症候群的角色 | 台灣大學 | 楊友仕 |
| DOH88-HR-842 | ALA引發光動力效應導至細胞死亡之分子生物機制探討 (註：本年度執行期程為88.01.01~88.6.30) |
台灣大學 | 陳進庭 |